Государственное руководство транспортной системой Российской Федерации, а именно гражданской авиацией, морским, речным, автомобильным транспортом и дорожным хозяйством осуществляет Министерство транспорта. В системе государственного управления отраслями транспортного комплекса, возглавляемой Министерством транспорта Российской Федерации, образованы Федеральная авиационная служба России (ФАС России), Федеральная служба морского флота России (Росморфлот), Федеральная автомобильно-дорожная служба России (ФАДС России). Железные дороги являются единственным видом транспорта, на который не распространяется юрисдикция Министерства транспорта. Российские железные дороги по-прежнему управляются правопреемником МПС СССР. В Министерстве транспорта есть небольшой отдел и советник в области политики железных дорог, но нет рычагов воздействия на железнодорожный транспорт.

На морском транспорте, начиная с 1993г., учреждены морские администрации портов, призванные осуществлять государственное регулирование деятельности компаний-судовладельцев, портов, ремонтных заводов и других предприятий, действующих на их территории. Поскольку морские порты являются, как правило, транспортными узлами и взаимодействуют с сухопутными видами транспорта, одновременно созданы административные советы портов. Они представляют собой координирующие органы по согласованию совместной работы всех предприятий транспортного узла.