Преимущества морского транспорта заключается в следующем: это основной внешнеторговый транспорт (по данным 1995г. его доля в общем объёме экспортно-импортных грузов составила около 60%). Он имеет широкие международные межконтинентальные связи: морские суда посещают порты более 120 стран мира; практически не ограничена его линейная пропускная способность, что позволяет проектировать и строить транспортные средства большой грузоподъёмности (до нескольких сот тысяч тонн), что нереально для других видов транспорта. Ограничивают пропускную способность порты, каналы и другие искусственные сооружения; незначителен удельный расход топлива и затрат энергии на единицу перевозок, так как на водном транспорте сопротивление движению значительно меньше, чем на сухопутных видах транспорта; перевозки морским транспортом в международном сообщении выполняются в основном на дальние и сверхдальние расстояния, в связи с этим средняя дальность перевозок грузов составляет 3567 км, что намного выше, чем на других видах транспорта. Отсюда более низкая по сравнению с другими видами транспорта себестоимость перевозок.

К недостаткам морского транспорта можно отнести: зависимость от географических особенностей и метеоусловий (течения, ветры, продолжительность навигационного периода), значительные капиталовложения в портовое хозяйство и транспортный флот. В условиях потери Россией многих крупных морских портов и экономического кризиса последнее обстоятельство затрудняет расширение берегового хозяйства отрасли, а также замену списанного флота.