Вся морская акватория России поделена на 5 морских бассейнов, в которых осуществляется работа по перевозке грузов и пассажиров. К каждому из них тяготеют конкретные экономические районы.

Балтийский бассейн - к нему тяготеют Северо-западный экономический район, а также ряд областей Волго-Вятского и Уральского экономических районов. Выход в этот бассейн областей Волго-Вятского и Уральского экономических районов обусловлен высокой развитостью промышленности и внешними связями ряда отраслей. Основными морскими портами здесь являются: Балтийск, Выборг, Калининград, Санкт-Петербург.

Северный бассейн перевозит грузы четырёх прилегающих к нему экономических районов: Северного, Уральского, Западно-Сибирского и частично Восточно-Сибирского. Суда этого бассейна выполняют перевозки грузов для населения и предприятий всего побережья Крайнего Севера, т.е. осуществляют большой каботаж между такими арктическими портами, как Тикси, устьями рек Хатанги, Яны, Индигирки, Колымы и портом Певск. Основными портами этого бассейна являются Архангельск, Беломорск, Диксон, Кандалакша, Мурманск, Нарьян-Мар, Онега, Певск.

Черноморско-Азовский бассейн занимает выгодное географическое положение, имеет выход в страны Европы и Ближнего Востока. К нему тяготеют часть территории Северо-Кавказского экономического района, ряд областей Центрального, Уральского и Поволжского экономических районов.

Основные порты этого бассейна: Азов, Ейск, Новороссийск, Таганрог, Сочи, Туапсе.

Каспийский бассейн. К нему примыкают Северо-Кавказский и Поволжский экономический районы. Посредством судоходных рек и каналов он связан практически со всеми морскими бассейнами Европейской части России. Крупным портом является Махачкала. Возведена первая очередь глубоководного порта Оля.

Дальневосточный бассейн. Охватывает значительную территорию Дальневосточного экономического района. В этом регионе морской транспорт для всего побережья от Берингово пролива до Владивостока является основным видом транспорта и выполняет малый и большой каботаж, а также международные перевозки. Основные порты бассейна: Александровск-Сахалинский, Владивосток, Магадан, Находка, Охотск, Петропавловск-Камчатский, Провидения, Советская Гавань, Усть-Камчатск, Холмск, Южно-Сахалинск.

Движение морских судов организуется либо по расписанию (чаще линейное судоходство , пассажирское) , либо последовательными рейсами (без предварительного объявления расписания) . Графики составляются плановый и диспетчерский , на основании контроля за исполнением - исполнительный .

Управление морским транспортом осуществляется Министерством транспорта Российской Федерации , Департамент морского транспорта .Это первое звено управления морским флотом . Второе - пароходство (объединение) . Порты имеют общий статус структурных единиц .

Сейчас решается вопрос о строительстве в Финском заливе крупнейшего порта в Луге , на Азовском море - Таганроге . Систематически расширяется линейная форма судоходства как в каботажном , так и международном сообщении . Ведётся интенсивная работа по внедрению АСУ в управление движением , особенно в крупных транспортных узлах .

Морской транспорт занимает особое место в экономике страны . Им выполняются 50% всех экспортно-импортных перевозок . Особенно велико его значение в районах Севера , Северо - Востока . Морской транспорт в перевозках тесно взаимодействует с железнодорожным . Это особенно важно в современных условиях распада СССР. Прямые смешанные перевозки , особенно по прямому варианту «судно - вагон» , вызвали реконструкцию железнодорожных станций и путей в ряде портов . В морских портах , расположенных в устьях рек , более тесно взаимодействуют морской и речной транспорт . Морской транспорт всё теснее взаимодействует с автомобильным, особенно в перевозках генеральных грузов .