Морскому транспорту принадлежит особая роль в транспортной системе страны. Это объясняется прежде всего благоприятными физико-географическими условиями России. Этот вид транспорта выполняет следующие три функции.

Во-первых, он обеспечивает морские международные связи страны. Грузовая работа в заграничном плавании складывается из перевозок грузов российского экспорта и импорта, доставка которых по условиям внешнеторговых сделок является обязанностью российской стороны. Из общего объёма международных перевозок примерно половина грузов перевозится судами России, а половина - судами других стран. Это экспорт на условиях СИФ и импорт на условиях ФОБ.
СИФ и ФОБ - это условия, на которых продаётся груз. СИФ означает «стоимость, страхование, фрахт». Это условия продажи, при которых продавец (экспортёр) организует перевозку груза в оговоренный порт выгрузки за свой счёт. В его обязанность входит также оплата морской страховки груза, но риск потери или повреждения груза лежит на покупателе. Цена включает в себя расходы по страхованию и фрахту. Фрахт - это аренда судна другой компании или страны.

ФОБ - «свободно на борту». Продавец обязан доставить груз на борт судна в порту погрузки, указанном в контракте продажи. Риск потери или повреждения груза переходит от продавца к покупателю, как только груз перейдёт поручни судна. Все издержки, связанные с доставкой груза на борт судна, лежат на продавце, в то время как фрахт, морское страхование и другие расходы, связанные с импортом, оплачивает покупатель.

Во-вторых, морской транспорт удовлетворяет потребности в перевозках внутри страны в каботажном плавании (малый и большой каботаж).

Малый каботаж - плавание судов в пределах одного или двух смежных морских бассейнов без захода в территориальные воды других государств.

Большой каботаж - плавание судов между портами разных бассейнов, разделённых береговыми территориями других государств. Обычно это плавание связано с заходами судов в иностранные территориальные воды.

Особенно велика роль морского транспорта во внутренних перевозках в бассейнах Дальнего Востока, Крайнего Севера, на некоторых направлениях на Азовском, Чёрном и Каспийском морях.

В-третьих, морской транспорт выполняет перевозки грузов иностранных фрахтователей (ГИФ), включающих в себя экспортные и импортные перевозки, а также перевозки грузов между иностранными портами, не связанные с внешней торговлей, в порядке попутной загрузки или специальными рейсами. Перевозки ГИФ позволяют получить значительные валютные доходы от экспорта транспортных услуг. Российские суда отфрахтовываются в краткосрочный или долгосрочный тайм-чартер (т.е. в повременную аренду) иностранным фирмам. Удельный вес перевозок ГИФ в объёме перевозок грузов морским транспортом по данным 1993г. составил 55%.