Галеон «San Juan Bautista» построен для американского флота, он имел сравнительно не высокий профиль. Кроме того имел сравнительно слабое пушечное вооружение, обычное для американских галеонов. Прежде чем галеон покинул в 1588 году Лиссабон, он получил дополнительное вооружение в виде дюжины берсо разных калибров.

В походе Непобедимой Армады 1588 г. участвовали 22 галеона. Название «San Juan Bautista» несли два корабля эскадры.

На галеоне «San Juan Bautista» держал флаг адмирал кастильской эскадры. Это был современный корабль водоизмещением 750 испанских тонн, экипажем 296 человек ( в том числе солдаты) и вооружением 24 пушки ( не считая берсо). Когда армада вошла в Ла-Манш,  галеоны выделили из состава эскадр и сформировали из них ударный отряд. Этот отряд прикрывал остальные силы силы армады, поэтому учавствовал во всех крупных сражениях компании. Во время сражения у Грейвлайза (8-9 августа) этот галеон вместе с четырьмя другими кораблями своего класса и флагманам «San Martin» вступили в бой с основными силами английского флота. Сражение длилось целый день, палуба галеона была буквально залита кровью. Но галеон не только уцелел, но и успешно вернулся домой.