Магаданский торговый порт расположен в бухте Нагаева Тауйской губы на северном побережье Охотского моря на 59 град. 33 мин. с. ш. и 150 град. 43 мин. в. д. в 14 км от входа в бухту, на стыке двух транспортных магистралей - морского пути и Колымской автотрассы, протяженностью 1167 км.

Бухта Нагаева вдается в северный берег Тауйской губы между мысом Серый и мысом Чирикова, являющегося западной оконечностью полуострова Старицкого. Общая длина бухты около 17 км, ширина на входе достигает 10 км и затем сужается в наиболее узкой средней части до 3 км. Ширина бухты в районе расположения порта около 4,5 км, глубины в центральной части бухты достигают 25-28 м. Маневрирование и швартовка судов в летнее вре­мя ничем не затруднены. Берега бухты скалистые, приглубые, течения слабые (только приливо-отлив­ные), впадающих в бухту рек нет, заносимость отсутствует. Средняя продолжительность ледового периода составляет 200 дней, а с неподвижным льдом - 184 дня в году (в период с ноября по май). В зимний период с помощью ледоколов обеспечивается круглогодичная навигация.

Общая протяженность причального фронта порта составляет 1840 м и состоит из 11 причалов с глубинами 8-11,5 м. Из них семь - погрузочно-перегрузочных комплексов, два нефтепирса, спецпирс в бухте Веселая и причал для отстоя и ремонта судов портового флота.

В настоящее время порт готов принять и переработать различную номенклатуру грузов:

металлопродукцию (металлопрокат, заготовки, лом черных и цветных металлов навалом и др.);

лесопродукцию (лес круглый и пиломатериал);

навалочные грузы (уголь, клинкер, рудный концентрат и др.);

нефтеналивные грузы, среднетоннажные и крупнотоннажные контейнеры:

скоропортящиеся грузы;

автотранспортную технику;

разрядные, химические и опасные грузы.

Наиболее крупными стивидорными компаниями, осуществляющими свою деятельность в морском порту Магадан, являются ОАО Магаданский морс­кой торговый порт - переработка сухогрузов. ОАО Колыматранснефть и ООО ТОСМАР - переработка нефтеналивных грузов. На большинстве причалов порта применяется универсальная схема механизации с использованием портальных кранов в качестве основной перегрузочной машины. Всего в порту 15 портальных кранов грузоподъемностью до 10-40 т. Причал № 5 порта длиной 227 м специализирован для переработки крупнотоннажных контейнеров и оборудован двумя причальными контейнерными перегружателями грузоподъемностью 30,5 т на спредере. Специализированный склад хранения крупнотоннажных контейнеров (мехсклад) оборудован восемью мостовыми кранами грузоподъемностью 20 т.

Для приема, размещения, кратковременного хранения и концентрации грузов порт располагает пятью крытыми складами общей площадью 32 000 кв. м, открытыми складскими площадками общей площадью 86 000 кв. м и резервуарным парком ГСМ объемом более 100 000 куб. м. Для выполнения внутритрюмных, складских, автомобильных и внутри портовых работ порт располагает достаточным количеством универ­сальных погрузчиков, кранов на автомобильном и гусеничном ходу, портовых тягачей, роллтрейлеров и прочих перегрузочных и транспортных механизмов. В составе порта имеются все необходимые производственные и вспомогательные подразделения: перегрузочный комплекс механизации, электроцех, ремонтно-механические мастерские, автобаза, ремонтно-строительная группа, участок АСПТР и др.

На акватории порта располагается местный флот, которым осуществляется завоз грузов в расположенные на побережье Охотского моря населенные пункты Магаданской и Камчатской областей.

Основным корреспондирующим направлением порта Магадан являются: Ванинское, Находкинское и Восточного порта. Порт открыт для захода иностранных судов, имеется пограничный и таможенный пост, таможенный склад.